1998年06月，意外事故后昏睡两年的两仪式苏醒了。　　18年的记忆没有了，两仪织的人格也代替两仪式死去了。只有名为“黑桐干也”的男子守护在自己的身边。还有眼前奇怪的现象。两仪式获得了直视万物死之

　　痛觉残留：经历了和职业炸弹狂魔仓密目琉夏的惨烈对决后，伤痕累累的两仪式（坂本真绫 配音）待在家中静养。适逢黑桐干也（铃村健一 配音）需外出公干，他自顾自将一只黑猫托付给两仪照看。两仪与黑猫的关系巧

　　小梅是一个文艺女大学生，因为跟老师志同道合，在精神理想上的相互欣赏却被传出绯闻，被师母误解闹得身败名裂。落魄后误入歧途。命运跌宕却坚持本真。因为善良无意中收养一个小男孩相依为命，甘愿为此背负更多压

　　14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日