四个情同手足的乌龟少年一直生活在人类城市隐秘的下水管道中，他们渴望成为这个城市的英雄，被人接受。在人类朋友爱普莉尔的帮助下，四位忍者神龟开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临

　　王勉出海寻找失踪的兄长，不想突遇海妖袭击风浪席卷，船破人亡的危难之时海上凭空现出传说中的救人仙岛，便与同船乘客一同上岛避难。仙岛之上琼楼仙境美轮美奂，更有仙女芸芷代岛主招待众人，窈窕仙女缥缈仙景，

　　城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson

　　繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第

　　讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使者。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。

　　将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！　　这时，纽约市中发生一连

　　忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本,他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵,并夺回魔杖拯救纽约市!